Уникальным по своему содержанию является фонд рукописей библиотеки, в котором находится 9,5 тысяч единиц хранения (2,5 тысяч музыкальных рукописей, 5 тысяч - писем и документов, 2 тысячи - редких фотографий 19 - начала 20 веков)

Основную часть фонда составляют нотные рукописи (автографы и копии) русских композиторов 19-20 вв. Среди них - автографы М.П.Мусоргского (23), Н.А.Римского-Корсакова (20), П.И.Чайковского (7), А.К.Глазунова (100), М.И.Глинки, А.П.Бородина, А.С.Даргомыжского и других. Зарубежная музыка представлена автографами Бетховена, Моцарта, Вебера, а также рядом рукописей других композиторов. В отделе хранятся рукописные партитуры и оркестровки опер Ф.Арайи, Б.Галуппи и некоторых других авторов, исполнявшихся в 18 веке в России. Имеются также русские и западно-европейские церковно-певческие рукописи 15-18 вв.

Широко представлена переписка русских музыкантов: А.П.Бородина, А.К.Глазунова, К.Ю.Давыдова, Н.А.Римского-Корсакова, А.Г.Рубинштейна, А.Н.Серова, зарубежных композиторов: Л.Бетховена, Л.Керубини, Р.Вагнера, И.Брамса, П.Виардо, Ш.Гуно, Ф.Листа, Г.Малера, Д.Фильда и других.

В фонде находятся также нотные издания с автографами крупнейших композиторов и музыкантов.

Особое место занимает архив фотографий педагогов и выпускников СПб консерватории, композиторов, певцов и исполнителей России и зарубежья 1860-1917 гг., выполненных такими известными русскими фотографами, как Ш.Бергамаско, А.Лоренц, А.Пазетти, К.Булла, В.Ясвоин, А.Оцуп, Е.Мрозовская, К.Фишер и другие.

Отдел ведет большую научно-исследовательскую работу по описанию и изучению рукописных материалов, итоги которой публикуются в печати. Выпущен сборник научных трудов «Петербургский музыкальный архив» (СПб, 1997г.), подготовлен каталог-справочник «Автографы Н.А.Римского-Корсакова в Отделе Рукописей Библиотеки СПб Консерватории». С 1996 года периодически проводятся конференции по проблемах музыкально-рукописного наследия - «Чтения Рукописного отдела СПб Консерватории», в которых принимают участие исследователи рукописей из ведущих научномузыкальных учреждений России.